.Los primeros freires sanjuanistas destinados en Fresno en 1116, Pelayo Arulfiz y Juan Sebastián eligieron y señalaron el lugar del templo y comienzo de la edificación ritualmente por la cabecera (parte más antigua en el Románico), con su eje principal orientado simbólicamente de Oriente a Occidente. La estructura del templo es en planta Basilical. Muestra tres naves separadas por pilares cruciformes y cabecera triabsidal escalonada, los ábsides se realizaron en sillar hasta el nivel de los vanos, rematándose la altura del muro a través de obra de albañilería siguiendo la construcción románica, pero a partir del arranque de las naves se prosigue la obra ampliando el espacio a través del estilo mudéjar. Dos órdenes de arquería ciega aligeran y ciñen el edificio. Son arcos de medio punto con vanos de mampostería.

HISTORIA , ARQUITECTURA Y ARTE
Esquema de la planta basilical de la Iglesia de San Juan Bautista. Ventana románica, en el ábiside. rentes materiales y en distintos tiempos, porque la capilla mayor y las colaterales que la acompañan, son de piedra juntamente con sus bóvedas y las restantes paredes, de fábrica de ladrillo; la faz exterior y la interior, de cal y guija más o menos fraguada en unas parte que en otras...”
• Del Románico al Mudéjar.La inestabilidad que existía en la zona castellanoleonesa en 1157 como consecuencia del Testamento del rey Alfonso VII (supuso la separación de los reinos de Castilla y León) pudo ser una de las causas del cambio en la estructura de la Iglesia, de la utilización de la piedra (más costosa) y el desarrollo románico del templo, se pasó al ladrillo y a la construcción mudéjar. La Iglesia pudo ser concebida desde un inicio como templo románico y se observa la brusquedad con la que rompen los arcos torales de la cabecera para dar lugar al mudéjar, que se encuentra de nuevo con una intromisión del románico: una puerta románica rompe con el ladrillo en la fachada a Occidente. En los ábsides se abren siete ventanas: tres en el central y dos en cada uno de los ábsides laterales. Alguna conserva todo su esplendor románico.
• Fachada Occidental. La fachada Occidental tuvo aspecto de fachada piramidal, pero en el siglo XVI se vio transformada por la construcción de dos espadañas que mandó levantar el Comendador Hernando de Cárdenas cuyo escudo permanece al menos en la que queda. Se alterna la arquería ciega con otros estilos rematados por coronas a sardinel. En la parte inferior destaca la portada románica que en la clave conserva la fecha y circunstancias de su consagración.
• El interior. Se desarrolla el estilo mudéjar casi en su totalidad, salvo en la cabecera, en la que la reciente restauración ha permitido descubrir en la capilla central un banco perimetral de piedra adosado al Ábside Mayor, donde se sentaban los máximos representantes jerárquicos de la época. La restauración también ha permitido que se descubran pinturas y frescos que se desconocían. Algunas de ellas se observan en los muros de las naves laterales, son imágenes alusivas a la Fachada del Evangelio. Portada románica, antes tapiada, en la fachada occidental. Interior del templo, en el que se observan ... simbología e historia de la Orden de San Juan. Las mejor conservadas se encuentran en el casquete que remata el ábside de la bóveda central: un Pantocrátor y los símbolos de los cuatro evangelistas, y en la parte inferior, entre dos bandas la representación simbólica de la historia de la Orden de San Juan.

   Muy distinta es la arquitectura que se desarrolla en el resto del templo, donde ya sí impera por completo el estilo mudéjar. Las naves se ven delimitadas por seis arcos formeros, paralelos tres a tres que dividen el espacio en tres tramos, arcos que se cierran con ojivas túmidas apeadas sobre robustos pilares de planta cruciforme, de los que ahora, tras la restauración, podemos ver su basamento. Los muros perimetrales son de ladrillo, decorados por dos órdenes de arcos de medio punto y una zona superior en la que alternan recuadros y ventanas.
• Capiteles románicos. Son once los capiteles de las columnas románicas que se conservan en buen estado. Cuentan cada uno con un astrágalo, cuerpo y un gran ábaco. Encierran una gran simbología que cobraba mucho sentido para el cristiano del s XII que, aunque no sabía leer, sí sabía interpretar los símbolos. A la izquierda de la capilla absidal del Cristo de la Columna se puede ver un capitel que parece representar a la Reina Doña Urraca y a sus dos hijos (Doña Sancha y Don Alfonso) en el momento de la donación de la aldea de Fresno a la Orden Hospitalaria de San Juan, en 1116.
• Artesonado. En sus tres naves, la iglesia estuvo cubierta por artesonados; en las naves laterales era de alfarje, y el más rico, con faldones y de complicada lacería cubría la nave central. De este artesonado mudéjar se conserva una parte, durante mucho tiempo observado en el intradós del coro. Ahora, este artesonado que queda se encuentra dispuesto al fondo de la nave correspondiente a la fachada Norte y además de servir de sacristía se pueden contemplar sus originales formas y colorido. Consta de armadura rectangular de lazo con pies y cabeza.
• Sepulcro de Cárdenas. Comendador de Fresno de 1493 a 1508, no muy querido por el pueblo. El sepulcro se encuentra adosado al muro del Evangelio dentro de la Capilla Mayor del templo. en él yacieron los restos mortales del Comendador D. Hernando de Cárdenas que murió en 1508 (sus restos se trasladaron a la capilla familiar, en Arévalo). Su valor artístico reside en la yesería gótico-mudéjar del primer cuarto del s. XVI adornada con motivos flamígeros renacentistas. Fue realizado por un taller de Olmedo. Completa la obra el escudo del Comendador, también en yeso, con seis roeles en bulto. Se puede leer en torno al sepulcro con caracteres góticos: “aquí iaze el onrado cavallero frei fernando de cardenas, comendador que fue desta encomienda”.
• Retablos de las capillas laterales. Son de notable valor los retablos que descansan en las capillas absidales laterales. El retablo barroco del lado de la Epístola tiene como principal reclamo una preciosa talla de Jesús atado a la Columna, bajo éste un Cristo Yacente de brazos articulados. Coronando el retablo una Cruz desnuda, distintivo de la cofradía de la Vera Cruz. En la capilla absidal del lado del Evangelio, dedicada a la Virgen del Rosario que lo preside desde el camarín central, destacan las tallas laterales de Santa Lucía (S. XVI) y S. Blas (S. XVII). .

  Fray Antonio de Pontones.
En 1755 un fuerte terremoto deteriora y agrava el envejecimiento del templo. Fray Antonio de Pontones, Maestro Arquitecto, monje de la Orden de San Jerónimo, consigue para Fresno la restauración de la Iglesia en lugar de la total demolición por la que otros técnicos optaban. Se desmontó el artesonado de la nave central (el único que quedaba ya) y se comenzó a labrar la bóveda, se abrieron cuatro ventanas en la fachada de Poniente y dos óculos en los frontis de las capillas absidales (las ventanas de la región superior habían quedado sobre las bóvedas) y, derruido el antiguo campanario a causa del terremoto, se construyó el actual campanario de la Iglesia.
En 1931 se declaró a la Iglesia de S. Juan Bautista: “Monumento Histórico-Artístico”. En mayo de 2003 se concluyeron las obras de restauración del templo.

FIN